熒光顯微鏡用于研究細胞內物質(zhì)的吸收、運輸、化學(xué)物質(zhì)的分布及定位等。 細胞中有些物質(zhì)，如葉綠素等，受紫外線(xiàn)照射后可發(fā)熒光；另有一些物質(zhì)本身雖不能發(fā)熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經(jīng)紫外線(xiàn)照射亦可發(fā)熒光，熒光顯微鏡就是對這類(lèi)物質(zhì)進(jìn)行定性和定量研究的工具之一。

　　熒光顯微鏡的透射光系統

　　1、光源部分   包括：石英汞燈石英質(zhì)外殼內充填超高壓或高壓汞氣的燈管；消球差透鏡。通過(guò)該透鏡可使由光源來(lái)的光線(xiàn)形成清晰而平行的光束；激勵濾光片。為了濾掉由燈管所發(fā)出的其他非紫外光部分，選用光譜波長(cháng)為365納米的紫外光濾光片，使光源成為紫外光源。

　　2、儀器主體部分   與生物顯微鏡構造基本相同，具有臺下棱鏡、臺下聚光鏡及載物臺等，先進(jìn)的還具有偏光裝置。

　　3、物鏡及目鏡鏡頭   具有一套顯微目鏡和顯微物鏡系統，它是在可見(jiàn)光通過(guò)與發(fā)熒光物體的光程范圍內的條件下，進(jìn)行肉眼觀(guān)察和在紫外線(xiàn)透射光下照相用的，常配有石英螢石物鏡、玻璃透鏡、消色差物鏡等。

　　4、抑制濾光片   為了保護觀(guān)察者的眼睛，在進(jìn)入目鏡的光路前安上一個(gè)波長(cháng)在436納米以上的濾光片，它幾乎*吸收了波長(cháng)短于365納米的紫外光線(xiàn)。

　　透射光系統由光源產(chǎn)生紫外光，經(jīng)儀器的主體透射到載物臺的巖石薄片上，再經(jīng)物鏡、目鏡直接投射到觀(guān)察者的眼睛中。該系統是用來(lái)觀(guān)察巖石薄片中所含烴類(lèi)物質(zhì)的各個(gè)組成。

　　反射光系統   它的光源系統與透射光系統相同，不同的是它不通過(guò)臺下折光棱鏡和聚光鏡，而直接將熒光發(fā)生器安裝在顯微鏡基座上。這樣由光源來(lái)的光改變了原光路系統，使紫外光先經(jīng)過(guò)物鏡上端，通過(guò)物鏡照射到載片的物體或巖石磨光面上，將激發(fā)的熒光反射回物鏡經(jīng)目鏡到達觀(guān)察者的眼睛。反射光系統所觀(guān)察到的光線(xiàn)是巖石表面能被紫外光激發(fā)而產(chǎn)生的熒光。由于輕質(zhì)瀝青易逸散往往浮在巖石表面，所以用反射光來(lái)觀(guān)察薄片及巖石磨光面的輕質(zhì)瀝青物質(zhì)以及煤層、天然瀝青、裂縫中的瀝青物質(zhì)等。

　　照相系統   照相系統是用來(lái)拍攝對鏡下觀(guān)察到的代表性或典型性?xún)热菀猿鋵?shí)文字描述的再現性增添的一項輔助系統，目前該系統的功能多為自動(dòng)化，它主要包括電子測光裝置、變倍鏡頭、照相機和控制盤(pán)，照相機一般都裝置在儀器主體的頂端，由電纜連接控制臺，操作極為方便。